Di origine longobarda, almeno per il suffisso -atico del suo nome, Lajatico, in antico detto anche Ajatico da Castrum Ajatici o Laiatici, è situato sulla sommità di uno sperone collinoso che separa la valle dell'Era da quella dello Sterza, o, meglio ancora, la strada statale Sarzanese-Valdera nel suo tratto La Sterza - La Bacchettona - Saline di Volterra, da quella, non meno antica
di La Sterza - Miemo - Val di Cecina.
Per considerare un'origine più remota del paese non sono sufficienti i ritrovamenti archeologici effettuati nella zona (in località l'Aione) relativi allo scheletro di un mammut (elephas planifrons) ora giacente presso il museo di geologia e paleontologia dell'Università di Pisa (La Certosa - Calci), né quelli relativi ad alcuni vasi etruschi di notevole pregio, rinvenuti il località Rota.
E' solo dell'anno 891 il primo documento scritto.
Nel secolo XII Lajatico è un importante castello dei conti Pannocchieschi di Elci fino a che il conte Ildebrando vescovo di Volterra ne entra in possesso con giurisdizione politica, grazie all'imperatore Arrigo VI.
Nel 1193 Lajatico passa sotto il dominio di Pisa, ma la sconfitta di Pisa contro Genova, nella battaglia delle Melorie (1284), porta il castello sotto la giurisdizione della Repubblica di Firenze che lo tiene fino alla pace di Fucecchio del 1293.